پیشنهاد یک الگوریتم موازی و آگاه از حافظه نهان برای ساخت درخت پسوندی مربوط به دنباله های dna

درخت پسوندی ساختار داده ای است که تمامی پسوندهای یک رشته را نمایش می دهد. به کمک تشکیل این ساختار داده ای می توان اعمالی نظیر یافتن یک زیر رشته را در دنباله های طولانی مانند dna به طور کلی در دنباله ها انجام داد. الگوریتم های متفاوتی برای ساخت درخت پسوندی وجود دارد. الگوریتم های اولیه، تشکیل درخت پسوندی را در زمان خطی ممکن می ساخت، اما برای دنباله های طولانی تر این الگوریتم ها دارای کارایی لازم نیستند چرا که دنباله ورودی و درخت حاصل در حافظه اصلی جای نمی گیرند و در نتیجه دست یابی هایی به دیسک وجود خواهد داشت. بنابراین تمرکز الگوریتم های بعدی در کاهش این دست یابی ها از طریق ارائه روش هایی برای جای دادن درخت پسوندی حاصل در حافظه بوده است. در این تحقیق الگوریتم موازی برای ساخت درخت پسوندی ارائه شده است. این الگوریتم درخت پسوندی را به جای حافظه اصلی در کش جای می دهد. همچنین موازی بودن آن امکان اجرای سریع تر الگوریتم را ممکن می سازد.